W dniu 7 czerwca 1999 podczas nabożeństwa odprawionego na toruńskim lotnisku Jan Paweł II dokonał beatyfikacji ks.Stefana Wincentego Frelichowskiego.
Pod koniec homilii wypowiedział do nas pamiętne słowa:
„Zwracam się także do całej rodziny polskich harcerzy, z którą nowy błogosławiony był głęboko związany. Niech stanie się dla Was patronem, nauczycielem szlachetności i orędownikiem pokoju i pojednania.”
Ten niezwykły dar stał się dla harcerek i harcerzy szczególnym wyzwaniem. Nowy Błogosławiony z pokolenia kapłańskiego Karola Wojtyły, postawił sobie wysoko poprzeczkę. Jak zapisał w „Rozważania na tle Ewangelii” – „Będę uparty… jak byli święci”. Jego ziemska wędrówka pełna radości otrzymywanej z bycia harcerzem zaprowadziła Go poprzez posługę kapłańską do męczeńskiej śmierci w tragicznym czasie ostatniej światowej wojny. Teraz w czasach letniości, braku wyrazistości postaw i przekonań, zapewne oręduje za nami pomagając rozstrzygać rozterki młodzieńczych serc. Bierzmy pełną garścią mądrość z postaw Świętych naszych czasów bo tylko oni mogą nam dziś rozjaśnić horyzont nie tylko intelektualny, ale i duchowy.
20 czerwca 1999 Rada Naczelna Związku Harcerstwa Rzeczypospolitej podjęła uchwałę w sprawie ogłoszenia bł. ks. phm. S.W. Frelichowskiego Patronem Harcerstwa Polskiego. 29 lipca 1999 Władze Naczelne ZHR zwróciły się z prośbą do bp. Sławoja Leszka Głodzia o nadanie sprawie oficjalnego toku zgodnego z wymogami prawa kanonicznego. Ten wystosował w imieniu ZHR prośbę do Konferencji Episkopatu Polski, którą prymas Józef Glemp przedłożył w dniu 22 marca 2002 Kongregacji Watykańskiej. 20 września 2002 Kongregacja ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów wydała dekret ustanawiający błogosławionego Stefana Wincentego Frelichowskiego, prezbitera i męczennika, na patrona polskich harcerzy przed Bogiem.
Listy Kongregacji kard. J. Glemp wręczył bp. S. L. Głodziowi, opiekunowi harcerstwa z ramienia Konferencji Episkopatu Polski, ten z kolei przekazał je wszystkim przewodniczącym krajowych i zagranicznych organizacji harcerskich. 22 lutego 2003 w Katedrze Polowej WP w Warszawie odbyły się uroczystości związane z ogłoszeniem bł. ks. S. W. Frelichowskiego patronem harcerzy polskich. Wzięli w nich udział oprócz kilku biskupów oraz dostojników państwowych polscy harcerze z różnych organizacji: ZHR, ZHP, Stowarzyszenia Harcerstwa Katolickiego „Zawisza”, Stowarzyszenia Harcerskiego oraz Związku Harcerstwa Polskiego działającego poza granicami Kraju.